Le commerçant est tenu d'établir des factures pour toutes ses ventes.

Toutes les informations importantes concernant la facturation sont décrites dans la fiche « Tout savoir sur la facturation ».

Le commerçant qui exerce une activité commerciale doit tenir une comptabilité.

Lorsqu'il est soumis (de plein droit ou sur option) à un régime réel simplifié d'imposition, sa comptabilité peut être tenue de manière super-simplifiée. Pour bénéficier de ce régime, l'entrepreneur individuel doit opter pour celui-ci. Chaque année il doit indiquer s'il opte pour le régime comptable super-simplifié sur sa déclaration de résultat n° 2031 en cochant la case prévue à cet effet  :

Il doit alors enregistrer de manière chronologique les mouvements (achats, ventes, emprunt...) qui affectent le patrimoine de son entreprise. Il doit également contrôler la valeur de ses actifs et passifs au maximum tous les 12 mois par le biais d'un inventaire. L'entreprise peut réaliser une évaluation simplifiée des stocks et des productions.

Le commerçant peut tenir lui-même sa comptabilité. En revanche, lorsqu'il décide de la confier à un professionnel, il doit obligatoirement s'adresser à un expert-comptable inscrit au tableau de l'ordre :

Le commerçant peut également adhérer à un organisme de gestion agréé qui peut l'aider dans la gestion de son entreprise (fiscalité, comptabilité, etc.). Dans ce cas, il doit communiquer chaque année ses comptes annuels à l'organisme de gestion agréé auquel il adhère.

Le commerçant doit établir les documents comptables suivants :

• Livre-journal : livre dans lequel tous les mouvements qui affectent le patrimoine de l'entreprise sont enregistrés. Seuls les encaissements et les paiements sont enregistrés tous les jours, opération par opération. Les dettes et les créances sont constatées uniquement à la fin de l'exercice comptable. En revanche les frais généraux doivent être enregistrés à échéances régulière tous les ans au maximum. La centralisation des écritures comptables peut se faire tous les 3 mois.
• Grand-livre : livre qui rassemble tous les comptes. Il reprend les informations du livre-journal en les classant par compte et dans l'ordre de numéro prévu par le plan comptable général (PCG). Les opérations sont classées par ordre chronologique.
• Manuel des procédures comptables : document qui décrit les procédures et l'organisation comptable pour comprendre le système de traitement et la réalisation des contrôles.

Chaque livre reçoit un numéro d'identification répertorié par un greffier. Ils doivent également être cotés et paraphés.

Tout enregistrement comptable doit préciser l'origine, le contenu et l'affectation à un compte de chaque donnée, et les références de la pièce justificative qui l'appuie.

Les livres peuvent être tenus de manière électronique avec un logiciel informatique ou manuellement sans blanc ni altération. Ils doivent être datés et enregistrés dès le moment ou le commerçant les établi pour garantir leur contenu.

Le bilan présente les éléments actifs et passifs de l'entreprise, et fait apparaître, de façon distincte, les capitaux propres.

Le compte de résultat rassemble les produits (ventes, intérêts de capitaux placés, etc.) et charges (achats, salaires, impôts, etc.). Il fait apparaître le bénéfice ou la perte de l'exercice (après déduction des amortissements et des provisions).

L' annexe commente et complète le bilan et le compte de résultat.

Le commerçant a l'obligation de conserver ses documents comptables et pièces justificatives (factures, registres...) au moins 10 ans à partir de la clôture de l'exercice comptable.